神光初现，星球黎明，雪山之巅，云雾缭绕。
苍茫大地，沟壑纵横，涓涓细流，汇聚成河。
巨大的瀑布上空，碟型飞船遮住了半边天。
麻衣巨人目送飞船离去，缓缓打开金属碗，饮下一杯黑药。
身体随之融化，跌落在激流之中，DNA链断裂重组，细胞加速分裂……
21世纪末。
人类的科技水平已高度发达。
克隆人技术和宇宙航行早已实现。
与此同时。
许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。
伊丽莎白．肖 博士用地质锤撬开一个山洞。
发现了一幅古老的星图壁画。
她与男友哈罗威兴奋不已，确信是造物主对人类的召唤。
他们两人在Weyland公司资助下，乘坐维克丝所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号，前往那颗未知的星球。
2093，人类科学考察船“普罗米修斯”号，经过两年的航行抵达目的地LV223星球。
飞船沿LV223星球表面低空飞行。
很快发现了文明的迹象。
降落后科考队迫不及待地穿上太空服开始探险。
巨大的建筑物绝对是智慧生物的创造。
肖博士称他们为“工程师”。
复制人大卫启动了墙壁某种装置，播放出一段全息录影。
——工程师恐慌逃亡。
追随影像的众人，发现了一个被金属门斩断头部的“工程师”尸体，已死亡2000年左右。
大卫貌似能看懂“工程师”语言文字，轻松打开了大门。
巨大的人面雕塑下面，布满黑色的陶罐。
由于人类的闯入，密室空气环境变化，墙上的壁画和陶罐等都出现了变化……
这时飞船发来通信，风暴来临，要求探险队快速返程。
不过大卫偷偷装了一个陶罐。
而就是这个陶罐，将会给人类带来了灭顶之灾！
随后在未知星球探索的过程中，科学小分队遇到了各种各样的异形。
为了生存，他们不得不和众多异形们进行战斗。
但是最后，只剩下了女主一个人。
女主不甘心就这样回去自己的星球，想继续深入寻找外星人的秘密。
于是便飞往了外星人所在的星球。
而在10年之后。
载有移民的飞船“契约号”航行遇到变故降落在一个遥远星球上。
并找到了“普罗米修斯”号的幸存者生化人大卫。
同时等待他们的还有可怕的异形怪物。
这个看似天堂的星球实际上是一个万劫不复的地狱。
大家一路行进，留下船长老婆和一个男队员进行样本收集。
大部队寻找信号发射源。
然后找到了普罗米修斯号飞船。
但是此时两个队伍中各有一人感染了异形的原始病毒。
就在大家被异形攻击的时候，大卫出现了。
他将大家带到自己居住的地方。
随着华特和大卫进行交流，华特发现大卫有很强的创造性和研究能力。
并得知是他毁灭了工程师的人！
大卫释放病毒，屠杀工程师——人类的创造者。
之后，随着船长杀死了与大卫交流的异形。
大卫将其引入地下室被抱脸虫杀死。
培育出了成熟的黑色的异形，更加强壮，富有攻击性。
等到救援飞船终于来了。
大家顺利上了母船。
新船长和Tea合力消灭了最后一个异形，之后进入冬眠。
就在这个关键时候，船长发现华特已死。
船上的是大卫。
但是已经为时已晚。
影片的最后，大卫吐出两个抱脸虫的胚胎，放入人类胚胎的冷藏室中，然后听着音乐走在飞船的通道上……
而所有观众都很清楚。
他将会带着异形胚胎，回到人类的世界！